Zo landde Willibrord in een boot met twaalf gezellen in 690 op de kust van West-Friesland, het tegenwoordige Holland. Volgens de overlevering was dat aan de monding van Oude Rijn bij Katwijk.
Geschiedkundigen menen tegenwoordig dat het nog een stuk zuidelijker was: op de Grevelingen.

Vanaf dat moment begon er een rusteloos leven in dienst van de verbreiding van het evangelie. Uitvalsplaatsen waren Utrecht, Antwerpen en Echternach. Intussen was hij in 695 naar Rome geweest en door paus Sergius I († 701; feest 9 september) tot bisschop gewijd, waarbij hij de naam Clemens aannam.

Met behulp van Sint Irmina van Oehren († ca 708; feest 3 januari) stichtte hij in 698 de abdij van Echternach en vele andere kerken en kloosters. Pippijn II van Herstal († 714) gaf hem de mogelijkheid om in Utrecht het St-Maartensklooster en de St-Salvatorkerk te bouwen.
Willibrord voelde zich verantwoordelijk voor het behoud van de goede kloosterlijke geest in zijn stichtingen. Hij visiteerde zijn kloosters herhaaldelijk. Eens kwam hij het klooster visiteren. Na de vriendelijke begroeting, een opwekkend woord en een gezamenlijk gebed met de broeders maakte hij de ronde door het klooster om te zien of de goede geest er nog heerste en om na te gaan of de broeders ergens gebrek aan hadden, zoals een goede huisvader nu eenmaal behoort te doen. Op het eind van zijn rondgang kwam hij in de wijnkelder. Daar bevond hij, dat er slechts één vat lag waarin nog maar een bodempje wijn zat. Met een zegenbede stak hij zijn staf in het spongat en verliet de ruimte weer. Maar in de nacht daarna begon de wijn in dat vat te vermeerderen zodat hij zelfs over de rand heenliep. Toen de keldermeester besefte wat er gebeurd was, snelde hij, zo vroeg als het was, naar de heilige man, viel voor hem op zijn knieën en vertelde van het grote wonder beneden in de kelder. Willibrord dankte God - zoals hij zo vaak deed - en gebood de keldermeester er verder tot aan zijn dood met niemand over te spreken.

Toen Pippijn in 714 stierf, moest Willibrordus tijdelijk naar Echternach uitwijken, gedwongen door de opstandige Fries Radboud. Hij begon het evangelie te verkondigen in het Frankische land. In deze periode moeten we waarschijnlijk de verhalen plaatsen die vertellen over Willibrordus' werkzaamheden in het Zeeuwse en het Brabantse. De heilige man wandelde eens langs de zee. Zijn gezellen vergingen van de dorst, maar er was nergens zoet water te bekennen. Daarop riep hij één van hen en gaf hem de opdracht in de zonnetent een putje te graven. Daarna viel hij erbij op zijn knieën neer en smeekte de Heer, die ooit in de woestijn door toedoen van Mozes water uit de rots had doen vloeien, dat hij uit ontferming met zijn gezellen nu ook hier in het zand een zoetwaterfontein zou doen ontspringen. Het gebeurde meteen. Er borrelde een bron met zoet water op. Ieder dankte God, die door toedoen van zijn dienaar zulke grote dingen deed. Zij dronken van het water en namen ervan mee zoveel als zij voor onderweg nodig hadden.

Intussen zag hij door toedoen van de Friese vorst Radboud, die hij niet tot het Christendom had weten te bekeren, zijn levenswerk vernietigd worden: kerken en kloostertjes werden geplunderd, priesters gedood. Nu trok hij zich terug in de zuidelijke streken van ons land. Pas toen hier Radboud verslagen was door de Frankische vorst Karel Martel († 714), begon hij in de Friese gebieden aan de wederopbouw van het christendom. Hij was toen al op gevorderde leeftijd.

De laatste jaren van zijn leven bracht Willibrord vooral door in zijn geliefde klooster te Echternach. Daar stierf hij te Echternach in 739, 80 jaar oud, volkomen uitgeput en opgebrand in de dienst van het evangelie. Zijn feest wordt gevierd op 7 november.

Verering

Hij is patroon van het Groothertogdom Luxemburg en van de plaats Echternach; van de Nederlandse kerkprovincie (sinds 1939), van het bisdom Haarlem en het aartsbisdom Utrecht; van de Nederlandse plaatsen Deurne, Oss, Sint-Willebrord en Vlaardingen.

Bovendien is hij patroon van de bakkers (Nijmegen), van bierhandelaren, caféhouders en herbergiers (vanwege de bronnen en de vele wijnwonderen); van toneelspelers en dansers (vanwege de springprocessie te Echternach); en van de arbeiders. Daarnaast is hij patroon van de Sint-Willibrordvereniging. Zijn voorspraak wordt ingeroepen bij epilepsie en aanverwante ziekten. Hij wordt afgebeeld als bisschop (tabberd, staf en mijter) vaak met een kerkmodel van de Utrechtse (Sint-Maartens)dom bij zich; daarnaast is er ook vaak een wijnvat te zien, waar hij soms zijn staf insteekt.